高邮市现已建成全国农村中医工作先进市、全国血吸虫病防治工作先进市、全国麻风病防治工作先进单位以及江苏省首批初级卫生保健先进市、江苏省爱婴市。全市紧紧围绕初级卫生保健目标，全面推进农村三级医疗卫生保健网建设，形成了覆盖城乡，功能齐全，人员、房屋、设备配套的卫生服务体系。全市现有各类卫生机构91个，病员床位1474张，卫生技术人员2017人。市人民医院、市中医院创建成二级甲等医院，16所乡镇(中心)卫生院达到一级甲等医院标准，村卫生室在实行人员、收费、药品、帐册、考核“五统一”管理的基础上，实施“联村设站、乡崐村一体”的基层卫生服务体制改革取得初步成功。在全国率先推出的“以乡统筹，大病合作”医疗保健制度覆盖全市农村，有345个村实行了合作医疗保险，占全市行政村总数的52％。全市自来水受益人数达 67.8万人,占总人口的81.3％,无害化厕所普及率达20.5％。为适应市场经济新形势，高邮市初步探索出了“质量效益型”的中医发展之路。